民國89年7月關渡創院，內視鏡檢查已同時創設；提供胃鏡、大腸鏡檢查。為提供民眾舒適的胃鏡大腸鏡檢查，民國104年起，與臺北榮總麻醉科合作，提供無痛胃鏡大腸鏡檢查。

內視鏡專科醫師(胃腸科專科醫師、大腸直腸外科醫師) 、內視鏡技術員。

1. 高階內視鏡系統。
2. 標準化內視鏡消毒系統。
3. 每日內視鏡皆進行消毒作業、監測與保養。
4. 無痛胃鏡大腸鏡檢查。